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La virtualización puede facilitar el análisis o comportamiento de un código malicioso. Sin embargo la firma de Sophos no emplea este método en sus laboratorios de virus ya que asegura "los resultados pueden ser no muy auténticos".

Algunos códigos maliciosos son suficientemente inteligentes para detectar que el sistema se está ejecutando en un ambiente simulado y no en un equipo real.

Los sistemas virtuales son lentos en comparación con un sistema real.

La ventaja que se encuentra en los equipos virtuales es que cada sistema operativo no puede acceder al hardware, datos o tráfico de red de otra máquina virtual. Si un usuario ejecuta dos copias de Windows en una máquina virtual sobre su PC, una para navegar por Internet y la otra para administrar sus cuentas bancarias, el usuario puede estar seguro que ningún spyware o virus se descargará repentinamente mientras navega por Internet con lo que no será capaz de infectar la otra máquina virtual donde está manejando sus cuentas bancarias.

Este mismo principio aplica para los servidores de las organizaciones donde alguna aplicación puede ser comprometida y no impacta en algún otro servidor mientras estén trabajando en un ambiente virtual.